Segni di presenza umana in epoca preistorica sono state rinvenute nell'isola di Levanzo. Favignana con Motia fu un importante avamposto cartaginese. Le acque delle Isole Egadi, furono teatro di violenti scontri tra Romani e Cartaginesi nel corso delle guerre puniche. Nel 246 a.c. la flotta cartaginese si trovava presso l'isola di Marettimo (l'antica Hiera), quando dovendo dirigere verso Trapani per fornire un aiuto all'esercito di Amilcare, venne intercettata dalla flotta romana presso Favignana e distrutta. Dopo il crollo dell'Impero Romano, le Isole Egadi, seguirono tutte le vicende storiche della Sicilia: le invasioni barbariche, il periodo bizantino e quello arabo, con la costruzione a Favignana di tre torri difensive, la liberazione da parte dei normanni, i quali trasformarono due delle tre torri arabe, in fortezze, il periodo svevo e la odiata dominazione angioina, dalla quale i siciliani si liberarono con i Vespri Siciliani, cui partecipò anche il signore di Favignana. Sotti i Borboni e sotto lo stato Italiano le Isole Egadi furono sede di stabilimenti penali. Oggi sono un paradiso incontaminato da visitare e da vivere.